Болезни рыб вызываются многими био- и абиотическими факторами факторами внешней среды. К ним относятся вирусы, бактерии, водоросли, грибы, гельминты, ракообразные, токсические вещества, нарушения гидрохимического режима и другие составляющие внешней среды. 

Инфекционные болезни рыб вызываются вирусами, бактериями, водорослями и грибами. Инвазионные болезни вызываются паразитическими организмами: гельминтами, простейшими, ракообразными. Существует большое число незаразных болезней рыб, которые возникают как результат нарушения среды обитания. К таким можно отнести алиментарные болезни, вызванные неполноценными или токсичными кормами, токсикозы, нарушения гидрохимического режима водоема, температурные перепады, избыточное содержание газов, травмы и др.

Следует отметить, что многие болезни возникают вследствие снижения иммунитета рыб из-за разнообразных стрессов. Незаразные и инвазионные болезни рыб часто осложняются развитием патогенной микрофлоры.

Описторхоз - заболевание, связанное с природным обитанием моллюска- битинии (Западная Сибирь, Пермская область, Поволжье, республика Коми, бассейны рек Дона, Камы и др.). Переносчиками личинок описторхоза являются рыбы семейства карповых: плотва, язь, сазан, лещ, елец, линь, густера, красноперка, пескарь, жерех, подуст. Личинок описторхоза не бывает у лососевых и осетровых рыб. Свободны от них и морские рыбы. Переносчики дифиллоботриоза - щука, окунь, ерш, налим, лосось, форель, хариус, сиг. Личинки глистов располагаются в мясе рыб и в икре. Невооруженным глазом их разглядеть трудно, они очень незначительные. Заражая человека, глисты в его организме стремительно развиваются и через 2-3 недели при описторхозе вызывают недомогание, головную боль с кратковременной температурой, как особый признак заболевания, боль под "ложечкой". Паразитирование гельминтов в организме человека может породить цирроз печени, холецистит и другие нарушения.

Одно из наиболее опасных заболеваний, которое передается с мясом таких видов рыб, как чехонь, окунь, усач, щука, сом, являющихся вторыми промежуточными хозяевами крупной нематоды. Нематода паразитирует у человека и плотоядных животных в почках, мочеточниках, мочевом пузыре. Диоктофимозом можно заболеть при употреблении некипяченой воды. Для удаления взрослых нематод из почек требуется хирургическое вмешательство. Заболевание отмечается в Средней Азии, изредка - в Карелии.

Иногда вылавливают рыб с раздувшимся брюхом. При вскрытии обнаруживаются неполовозрелые гельминты-ремнецы. Рыбы - вторые промежуточные хозяева. Основным хозяином являются птицы, поедающие зараженную рыбу. Лингулез обычно встречается у лещей, плотвы, красноперки, уклей, пескаря, амуров, толстолобиков.

Распространитель болезни - розовато-красный круглый гельминт - филометроидес длиной до 12 мм. Он паразитирует под чешуей и в стенках пузыря карпа, леща, густеры, а также на хвостовом и спинном плавниках карася. В брюшной полости рыб иногда обнаруживаются и другие мелкие круглые черви, которые не опасны для человека. Гельминты удаляются при потрошении и чистке чешуи.

Распространена среди рыб водоемов южных районов. Ею болеют карп, толстолобик, вобла, плотва, окунь и другие рыбы. Тело рыб, жабры, плавники, роговица глаз покрываются черными точками, которые являются выделениями личинкой гельминта черного пигмента. Основной хозяин паразита - цапля.

Считается, что сапролегниоз – вторичное заболевание, возникающее на месте травматических повреждений на теле рыбы. Возбудителем заболевания являются низшие грибы в основном из рода Saprolegnia, которые распространены в природе очень широко. Сапролегниозом болеют практически все пресноводные рыбы, подвергшиеся тому или иному воздействию или оказавшиеся в неблагоприятных условиях обитания. От сапролегниоза страдает инкубирующаяся в искусственных условиях икра многих видов рыб, в основном лососевых и сиговых. Болезнь поражает, прежде всего, погибшие икринки и быстро перекидывается на здоровую икру. Отбор погибшей икры – трудоемкий, но эффективный метод предотвращения сапролегниоза. Для борьбы с этим заболеванием широко используют малахитовый зеленый, метиленовую синь, бриллиантовый зеленый. Обработка воды ультрафиолетовыми светильниками, озонирование воды также предотвращают развитие сапролегниоза.

Это одно из самых опасных эктопаразитарных заболеваний, способных вызвать массовые отходы рыбы, особенно молоди. Болеют практически все виды рыб. Заболевание вызывает ресничная инфузурия, название которой с латыни переводится как "Рыбья вошь многодетная". Паразит развивается и созревает под кожей рыбы, и по этому он устойчив ко многим препаратам, эффективным при других заболеваниях. Достигнув зрелости, паразитическая инфузория покидает рыбу, приклеивается к подводным предметам, и образует цисту. В ней после многократного деления образуется несколько тысяч дочерних клеток. Эти клетки затем выходят в воду и свободно плавают 2-3 суток. Если им удастся прикрепиться к рыбе, они внедряются под кожу, где и развиваются.

Возбудитель заболевания - цестода из рода Triaenophorus. Развитие проходит с участием двух промежуточных хозяев: рачков и рыб, в основном форели, окуня, ряда карповых рыб. Основным хозяином является щука. Если в водоеме есть и форель, и щука, возникновение этого заболевания становится весьма вероятным. Руководству рыбхозов, в которых организована рыбалка и в которые завозится форель, необходимо осуществлять комплекс мер по профилактике этого заболевания. Лечение заболевания не разработано. В целях профилактики заболевания рыб в прудовых хозяйствах необходимо ограждать пруды от проникновения в них щук из источников водоснабжения.

Диплостоматоз — инвазионная болезнь рыб, вызываемая личинками дигенетических сосальщиков из семейства Diplostomatidae, паразитирующих в глазах рыб. Диплостоматоз широко распространен среди рыб, обитающих в естественных водоемах. Болеет молодь и взрослая рыба. 

Характерные признаки болезни: помутнение хрусталика, образование бельма, слепота. Иногда наблюдается пучеглазие. Воспаляются оболочки глаз, затрудняя кровообращение, в результате разрушается хрусталик, возникает отмирание и изъязвление ткани роговицы, хрусталик выпадает. На пораженных участках глаза поселяются сапролегниевые грибы. Потеряв зрение, рыба плохо берет корм, худеет; молодь отстает в росте.